Kostol a komplex kláštorných budov je postavený na mieste najstaršieho levočského kostola, ktorý po požiari v roku 1747 zbúrali. Postavili ho v barokovom slohu v rokoch 1748 – 1755. Súbor kláštorných objektov má pôdorys v tvare písmena U. Kostol je jednoloďový, v zadnej časti lode má murovanú emporu s organom. Na východnej strane postavili sakristiu a do nárožia vstavali vežu. Na priečelí kostola sa nachádza nástenná maľba so symbolmi Viery, Nádeje a Lásky. Interiér je barokový, františkánsky. Zdobia ho nástenné maľby od prešovského majstra Ondreja Ignáca Trtinu z rokov 1758-1763, predstavujú výjavy zo života františkánskych svätých. Na hlavnom oltári je umiestnený obraz od známeho maliara Jozefa Czauczika. Kostol sv. Ducha je jedným z nemnohých zachovaných barokových kostolov na Spiši.
