Kostol spolu s priľahlým kláštorom bol postavený v prvej polovici 14. storočia a na jeho stavbu boli použité peniaze, ktoré poskytol v roku 1309 magister rytier Donč. Pôvodne Kostol sv. Ladislava, neskôr bol zasvätený Panne Márii kráľovnej anjelov. Je to jeden z najväčších kostolov na Slovensku, ktorý je ukážkou vynikajúceho stavebného umenia obdobia gotiky a postavila ho známa levočská stavebná huta. V roku 1671, v období protireformácie dostali kostol do správy Jezuiti, ktorí kláštor a kostol opravili a zväčšili. Bola loď kostola prebudovaná v barokovom slohu, avšak zachované ostali aj prvky gotickej architektúry najmä v presbytériu. Obdivuhodný je najmä barokový interiér kostola, ktorý vznikol v rokoch 1694-1697 v dielni stolára švédskeho pôvodu Olafa Vavrinca Engelholma. Mohutnosťou vyniká hlavný oltár s gotickou sochou Madony z 15. storočia a s barokovými sochami uhorských kráľov a jezuitských svätcov. V kostole sa nachádzajú aj cenné nástenné maľby objavené v 30. rokoch pri jeho obnove. V sakristii sa nachádza maľba z prvej polovice 14. storočia. Na severnej strane lode sa nachádzajú morality (skutky milosrdenstva), ktoré sú znázornené realisticky, pričom v Bazilike sv. Jakuba je ich znázornenie len symbolické.
